Maria è aggredita dai serpenti all’interno della sua vettura. Arriva a soccorrerla Peter O’hara, lo studioso di esoterismo, che libera la donna dal morso velenoso dei rettili.
Nel frattempo dal carcere arriva la notizia della fuga di Ivo Scalia, il sindaco dell’isola accusato dell’omicidio di Guido Grimaldi. Mentre Vasco e Maria si dirigono sul posto per effettuare le indagini sul caso, la donna viene informata da suo fratello Luigi che Nicola, il figlio, è scomparso nel nulla. Nella camera del giovane, Luigi trova una camicia insanguinata. Alla vista del sangue, l’uomo sospetta che suo figlio possa essere coinvolto nella morte di Giudo e per proteggerlo dall’accusa di omicidio, occulta alla polizia il ritrovamento dell’indumento.
Nel tentativo di ritrovare suo nipote, Maria si reca frettolosamente al vivaio dove lavora Nicola ma un tragico evento sconvolge la tranquillità del posto. In una vasca piena di anguille Maria trova il corpo privo di vita del sindaco Scalia.
La polizia, giunta insieme al commissario Brandi, ispeziona il cadavere confermando la tesi dell’omicidio.
Vasco sembra appoggiare l’ipotesi che possa essere stato Nicola l’artefice di tale delitto. Il ragazzo, avendo da tempo una relazione amorosa con la moglie del sindaco, la bella Kelly Scalia, ed essendone profondamente geloso, avrebbe avuto un movente più che giustificato per compiere un omicidio passionale.
Intanto, Ivana D’Acquaro riceve un messaggio sul cellulare da parte di Nicola con l’invito a raggiungerlo in fabbrica. La donna si reca sul luogo dell’appuntamento ma qualcuno la aggredisce alle spalle. Due ore dopo Vasco e Maria trovano il corpo della D’Acquaro ancora in vita. Al risveglio la donna viene interrogata ma alla polizia dichiara di non ricordare nulla circa la sua aggressione.
Nel frattempo da Trapani arrivano i nuovi referti autoptici di Giudo e Ivo. Le analisi compiute sul sangue delle due vittime rivelano un’elevata concentrazione di un potente neurolettico chiamato Mesadron. Controllando il vecchio studio medico del sindaco Scalia, Vasco e Maria accedono alla lista dei pazienti ai quali l’uomo prescriveva tale farmaco. Il Mesadron sull’isola sembra essere usato da una sola persona: Arturo Turrisi.
Alla ricerca di Nicola, i due commissari si recano nella vecchia miniera di manganese dell’isola. La raggiungono e, nell’entrare, improvvisamente trovano i corpi senza vita di Nicola e Kelly.
I due agenti sono soli, qualcuno nascosto nel buio punta una pistola contro Maria e la donna viene colpita.

Maria è sopravvissuta all’attentato. Vasco si lancia all’inseguimento del suo assalitore, che però gli sfugge. La donna viene ricoverata all’ospedale.
Intanto Luigi, dopo aver appreso con dolore della morte del figlio Nicola, in preda alla disperazione, decide di scrivere una lettera alla sorella Maria e di rivelarle una volta per tutte il tragico segreto della loro famiglia.
Maria, intanto, si prepara ad uscire dall’ospedale. Prima di andar via, però, viene a sapere dall’infermiera che accanto al suo comodino suo fratello Luigi le ha lasciato una lettera, una lettera che ora sembra scomparsa nel nulla.
Maria appare preoccupata, cerca Luigi ma dell’uomo non si hanno tracce.
In quel preciso momento dalla tonnara dei Turrisi arriva una macabra notizia: il cadavere di un uomo senza testa viene ritrovato nella cella frigorifera della fabbrica. La perizia della polizia rivela che il corpo dell’uomo decapitato risulta essere quello di Luigi, il fratello di Maria. Alla disperazione della donna per la perdita di un altro famigliare, si aggiunge l’apprensione per Cristiano, il futuro sposo, partito per la regata e ora disperso in mare a causa di una tempesta durante la navigazione.
Nel frattempo Vasco, analizzando il luogo del delitto, trova un vecchio articolo di giornale dove viene narrata la vicenda di una giovane ragazza di nome Maria, morta anni prima in circostanze misteriose. Nell’eventualità di un possibile collegamento tra la sconosciuta e i tragici avvenimenti dell’isola, Vasco e Maria si recano alla grotta dove, secondo la leggenda, in passato gli affondatori attiravano le navi da far naufragare per derubare ed uccidere tutto l’equipaggio.
Grazie al ritrovamento del diario d’infanzia di Luigi, i due commissari vengono a conoscenza del fatto che Ivo, Guido e Luigi, trent’anni prima fecero qualcosa di misterioso legato alla vicenda di cronaca della sconosciuta e al naufragio di una piccola imbarcazione, L’Atalante, scomparsa nella notte del 1968.
Collegando i vari indizi tra loro, Vasco scopre anche che il giorno stesso che naufragò l’Atalante, a Cagliari venne messa a segno una grossa rapina. I colpevoli non furono mai individuati e il bottino mai recuperato. Tuttavia l’intera faccenda venne associata al nome di Gennaro Savelli, un pregiudicato di Marsala.
Nel proseguire delle indagini, Vasco si reca a casa di Peter O’Hara, lo scrittore di esoterismo accusato di avere una doppia personalità. Al suo arrivo Il commissario sorprende l’uomo mentre sta salpando con la barca.
Vasco lo raggiunge e sale a bordo, ma un’improvvisa fiammata investe l’uomo, trasformandolo in una torcia umana. La barca esplode.

La barca di O’Hara è in mille pezzi. Vasco è aggrappato a uno dei frammenti di legno ed è ancora vivo. L’uomo viene recuperato da un motoscafo della polizia, su cui c’è anche Maria. Le ricerche attorno all’area dell’esplosione non permettono di ritrovare il corpo di Peter e l’uomo viene dato per morto.
Intanto Maria ha una sorpresa inaspettata; Cristiano è vivo. E’ sopravvissuto al naufragio e sta tornando a casa, ma dopo la sua presunta scomparsa, Maria si è avvicinata a Vasco e ora deve decidere cosa fare del suo matrimonio. Tra l’altro la donna scopre che tra i sei bambini che hanno giocato agli affondatori quella tragica notte del 1968 oltre a suo fratello Luigi, Guido, Ivo e Ginevra c’era anche Lapo Turrisi, figlio di Arturo Turrisi, il proprietario della Tonnara dell’isola.
Nel frattempo Ginevra sembra essere scomparsa nel nulla e nel tentativo di ritrovarla, Vasco e Maria si recano da Ivana D’Acquaro, la madre. In quel preciso momento, il corpo senza vita di una donna viene ritrovato sulla spiaggia sepolto dalle meduse. Si tratta del cadavere di Ginevra D’Acquaro.
Vasco scopre che Arturo Turrisi, padre di Lapo, ha in realtà un altro figlio di nome Ruggero, purtroppo scomparso in giovane età in circostanze misteriose…